Добавлены новые территории — Рыжий Лес, Лиманск, Болото, Госпиталь. Вместе с этим убраны некоторые локации из оригинальной игры - Бар, Саркофаг, все лаборатории (Х-10, Х-18 и другие). Помимо старых группировок (Ученые, Долг, Свобода, Монолит, бандиты, военные) появились ещё новые (Чистое Небо, Ренегаты). Игрок может принять участие в войне группировок и привести к победе любую из них. Улучшен AI компьютерных противников, изменена система апгрейдов оружия и брони. В сравнении с предыдущей игрой серии улучшена графика: добавлена поддержка DirectX 10, доработан DirectX 9 рендер. В игре используется новая версия игрового движка X-Ray 1.5. Добавлена инверсная кинематика.
